Das Institut hat die Aufgabe, die Kirchen- und Kulturgeschichte Mittel- und Ostdeutschlands sowie jener Gebiete Ostmitteleuropas, in denen deutsche kirchliche und kulturelle Einflüsse nachweisbar sind, zu erforschen und darzustellen. Insbesondere werden der historische Beitrag des Christentums und der katholischen Kirche untersucht, der sowohl das Erscheinungsbild der deutschen Siedlungsgebiete Ostmitteleuropas als auch die Geschichte der Vertriebenen nach 1945 und deren Integration mitprägte.

Paragraph 96 des Bundesvertriebenen- und Flüchtlings-Gesetzes von 1983 schreibt die Sicherung, Ergänzung und Auswertung des Kulturgutes derjenigen Landschaften vor, die von den Deutschen am Ende und nach dem Zweiten Weltkrieg geräumt wurden; ferner beabsichtigt dieser Paragraph, die Kulturleistungen dieser Gebiete und ihrer ehemaligen Bewohner in ihrer Weiterentwicklung zu pflegen. In diesem Sinne erfüllt das Institut seine Aufgabe unter besonderer Berücksichtigung des kirchlichen Faktors.

Seit der politischen Wende 1989 in Europa ist das Institut für ostdeutsche Kirchen- und Kulturgeschichte - mehr noch als zuvor - gesuchter Ansprech- und Kooperationspartner für die Kirchengeschichts- und Geschichtsforschung unserer östlichen Nachbarländer, etwa Polens und Tschechiens. Der wissenschaftliche Austausch wird über Tagungen und Publikationsorgane des Instituts gefördert.